Trước những tranh cãi nhiều chiều về “diện mạo” mới của di tích chùa Cầu sau trùng tu, đặc biệt là luồng ý kiến cho rằng “màu sơn quá mới”, “quá sáng” khiến di tích này trở nên “lạ lẫm”, Trung tâm Quản lý Bảo tồn Di sản văn hóa Hội An (Trung tâm), đơn vị được giao chủ trì thực hiện dự án này đã có những phản hồi chính thức.